Stūpas izcelsmes avoti meklējami Senajā Indijā. Tiek uzskatīts, ka sākotnēji, vēl pirms Budas atnākšanas šai pasaulē, Stūpas bija no akmeņiem veidoti apbedījuma vietu uzbērumi, kuros apglabāja viņsaulē aizgājušos svētos, valdniekus un augsta ranga ļaudis. Pats nosaukums “Stūpa” ir cēlies no sanskrita vārda “kaudze”. Tāds apzīmējums nav pārsteidzošs, jo sākotnējās akmens uzbērumu Stūpas bija apaļas formas un pēc izskata varēja atgādināt lielu akmens vai zemes kaudzi. Vēlāk, saglabājot to pašu noapaļoto formu, Stūpas tika celtas no koka, māla un citiem materiāliem.
Senākās saglabājušās Stūpu arheoloģiskās liecības tiek datētas ar 4.gadsmitu p.m.ē., taču senie raksti apgalvo, ka Stūpas tika celtas daudz agrāk. Un tas nav pārsteidzoši, jo pirmās Stūpas tika celtas no salīdzinoši neilgtspējīgiem materiāliem, tādiem kā koks u.c.
Stūpu izplatīšanās vēstures sākums aprakstīts Mahaparinirvānas Sūtrā (tas ir sens teksts, kas apraksta Budas dzīves pēdējās dienas). Buda pats saviem skolniekiem izskaidroja, kā Stūpai ir jāizskatās. Tāpat Buda viņiem norādīja, kā pēc nāves kremēt viņa ķermeni un kādā veidā pelnus novietot Stūpās, kuras jāuzceļ četrās dažādās vietās: 1) Lumbini – Budas dzimšanas vietā; 2) Bodhgajā – vietā, kur Buda sasniedza Apskaidrību; 3) Sarnathā – vietā, kur Buda deva pirmās mācības; 4) Kušinagarā – vietā, kur Buda sasniedza Parinirvānu.
Pēc Budas aiziešanas astoņas karaļvalstis, kurās Buda bija dzīvojis un devis mācības, sāka konkurēt par to, lai iegūtu Budas kremētā ķermeņa paliekas. Lai izvairītos no strīdiem un konfliktiem Budas relikviju dēļ, viņa skolnieki tās sadalīja astoņās vienādās daļās un izdalīja katrai karaļvalstij. Katrā no astoņām karaļvalstīm tika uzcelta Stūpa Budas relikviju glabāšanai. Vēlāk, 3.gadsimtā p.m.ē., imperators Ašoka pavēlēja atvērt šīs astoņas Stūpas, sadalīt tajās esošās relikvijas 84 000 daļās un uzcelt Stūpas visu šo daļu glabāšanai.
Pirmās Budam veltītās Stūpas saglabāja seno Stūpu noapaļoto, puslodes kupolveida formu, un to virsotnē tika celta kvadrātveida platforma (Harmika) un saulessargs. Šis puslodes kupols pārsedza kvadrātveida pamatni, kurā atradās neliels padziļinājums relikviju (t.i. paša Budas) glabāšanai. Apkārt Stūpai bija paredzēta brīva vieta koru veikšanai (kora - rituāla apiešana apkārt Stūpai). Šāda Stūpu forma saglabājās līdz laikam, kad Stūpas izplatījās ārpus Indijas robežām.
Kad Stūpas sāka celt dažādu kultūru teritorijās, tās ieguva daudzveidīgas arhitektūras formas, kā arī atšķirīgus nosaukumus. Apzīmējums “Pagoda” izcēlās no šrilankiešuvārda “dagoba”, kas savukārt cēlies no sanskrita “dhatu-garbha”, kas nozīmē – apbedījuma vieta, glabātuve. Tieši “Pagoda” bija visizplatītākais nosaukums, ar kuru rietumu pasaule uzzināja par Stūpām. Tālāk šis šrilankiešu izcelsmes nosaukums izplatījās uz Stūpām austrumu valstīs, kurās Pagodas parasti tiek celtas torņa veidā ar vairākiem līmeņiem.
Tibetā Stūpas ieguva sev raksturīgās iezīmes un nosaukumu “Čorten”, kas burtiski nozīmē – pamats dāvājumiem. Kvadrātveida pamatne tika papildināta ar “lauvas troni” (kas liela izmēra Stūpās kalpo par zāli rituāliem un praksēm), savukārt noapaļotā pussfēriskā daļa tika pacelta virs troņa un pārtapa par vāzi. Stūpas virsotne tika papildināta ar augstu smaili, ar trīspadsmit gredzeniem, kā arī mēness, saules un liesmas veida dārgakmens simboliem.
Līdz pat mūsdienām Stūpas kalpo par Budas un realizētu Skolotāju relikviju glabātuvēm. Lai Stūpa tiktu aktivizēta, tajā ir jābūt kaut vienai svētai relikvijai. Tā kā ar laiku dažādās valstīs tika uzcelts liels daudzums Stūpu, vēsturiskā Budas relikvijas izvietot visās Stūpās nebija iespējams. Tāpēc Stūpās sāka izvietot realizētu Skolotāju kremācijas paliekas, dārglietas, rituālos priekšmetus, rakstus un citas svētas relikvijas. Tieši relikvijas iedzīvina Stūpu, pārvēršot to no vienkāršas celtnes par svētu objektu, kas izstaro tajā esošo relikviju īpašības un izplata tās uz visām apkārtējām teritorijām.
Stūpām var būt atšķirīgi nosaukumi un formas, tajās var tikt glabātas dažādas relikvijas, bet tām visām ir viens mērķis – vest visas dzīvās būtnes pie tīrā, apskaidrotā Budas prāta stāvokļa.